Naslov (eng)

Analysis of evolutionary and transmission dynamics of human immunodeficiency virus in Serbia and the Balkans : doctoral dissertation

Autor

Jovanović, Luka, 1991-

Doprinosi

Stanojević, Maja, 1966-
Paraskevis, Dimitrios, 1969-
Šiljić, Marina, 1982-
Knežević, Aleksandra, 1970-

Opis (srp)

Ciljevi studije:Ispitati evolucionu i transmisionu dinamiku epidemije virusom humaneimunod eficijencije (HIV) u Srbiji, u opštoj i u populacijama u riziku, kao i da se ispita širenje HIVpodtipa B na Balkanu i zastupljenost prekograničnih transmisionih klastera.Metode:Napredni filogenetski pristupi, uključuju uključujući filodinamičku i filogeografsku analizu,koriškorišćenjem metoda zasnovanih na algoritmu maksimalne verovatno verovatnoće i Bajesove statistike,implementiranih u softverima MEGA, PAUP, MrBa y es i BEAST, matematičko modelovanje i analizalatentnih klasa (latent class anal y sis LCA) primenjeni su na dva seta podataka: 385 sekvenci izSrbije iz perioda od 1997. do 2015. i 2.415 HIV podtip B sekvenci iz sedam balkanskih zemalja, izperioda 1999 2019, sa povezanim demografskim, epidemiološkim i kliničkim podacima.Filogenetska analiza maksimalne verovatn ooće implementirana u softver IQ tree koriš korišćena je zaidentifikaciju transmisionih klastera, uz primenu definisanih skupova kriterijuma. Za analizudugoročnog trenda rasta HIV epidemije primenjen a su dva pristupa: logističko modelovanje rastaHIV epidemij e u Srbiji na onovu podataka za period 1985 2015 i „join point“ regresione analizeincidencije novodijagnostikovanih HIV slučajeva u 7 balkanskih zemalja, za period 2004 2019.Rezultati:Filogenetskom analizom HIV sekvenci iz Srbije identifikovano je pos tojanje 19transmisionih klastera, koji su ispunili sve unapred definisane kriterijume, kao i jedna proširenatransmisiona mreža, što čini 44% ispitivanog skupa podataka (170/385), sve unutar podtipa B.VeVećina klastera, 15/19 (79%), sadržala je sekvence m uškaraca koji imaju seks sa muškarcima(MSM) kao prijavljeni rizik za HIV transmisiju. Sekvence podtipa C formirale su monofiletskugrupu sa visokom statističkom podrškom koja nije ispunjavala kriterijume definicije klastera,međutim, sastojala se isključi vo od HIV sekvenci povezanih sa heteroseksualnim kontaktom kaorizikom za prenos. Filodinamička analiza je ukazala na kontinuiranu ekspanziju tri najve najvećatransmisiona klastera tokom čitavog perioda istraživanja, povezana sa podtipom B i grupomtransmisije MSM. Nasuprot tome, analiza heteroseksualnih monofiletskih klada podtipa B i Cukazala je na stagnaciju rasta. Što se tiče epidemije HIV podtipa B na Balkanu, udeo sekvenciunutar transmisionih klastera bio je 68% (1.642/2.415), unutar 93 klastera. Četiri klastera, sa11% od ukupnog broja proučavanih sekvenci (264/2.415), ispunila su kriterijume zaprekogranične klastere . Filogeografska analiza je pokazala da se prekogranično širenje HIVpodtipa B na Balkanu odvijalo između zemalja bivše Jugoslavije i Rum unije, stvaraju stvarajući složenerecipročne obrasce širenja između Srbije, Slovenije, Hrvatske i Crne Gore počev od sredine 80 ihgodina, dok je širenje u Rumuniju počelo sredinom 90 ih.Trend broja novodijagnostikovanih HIV slučajeva u Srbiji ukazao je na ranueksponencijalnufazu rasta povezanu sa MSM rizikom od transmisije, u kontinuitetu do 2030. godine. „Joinpoint“ regresiona analiza je ukazala na različite trendove u pogledu incidencijenovodijagnostikovanih slučajeva HIV infekcije u zemljama Balkana, pad je uočen u Rumuniji,Grčkoj i Sloveniji i pove povećanje u Srbiji, Bugarskoj, Hrvatskoj i Crnoj Gori, uglavnom povezano sarizikom od prenošenja MSM a u celom regionu...

Opis (srp)

Medicine - Microbes and infection / Medicina - Mikrobi i infekcija Datum odbrane: 03.07.2023.

Opis (eng)

Aims of the Study: To investigate evolutionary and transmission dynamics of the humanimmunodeficiency virus (HIV) ep idemic in Serbia, in general and key populations, as well as toexplore cross border transmission clusters and spread of HIV subtype B in the Balkans.MethodsAdvanced phylogenetic approaches, including phylodynamic and phylogeographic analyses,using m ethods based on maximum likelihood algorithms and Bayesian statistics, implemented indifferent softwares such as MEGA, PAUP, MrBayes and BEAST, mathematical modeling and latentclass analysis (LCA) were applied on two study datasets: a dataset of 385 Serb ian HIV sequencescollected during , the period from 1997 to 2015, and a dataset of 2,415 HIV subtype B sequencesfrom seven Balkan countries, from the period 1999 2019, both of the pol genetic region andlinked to demographic, epidemiological and clinical data. Maximum likelihood phylogeneticanalysis implemented in IQ tree was used to identify transmission clusters, based on definedcriteria sets. Long term analysis of the HIV epidemic growth trend, in relation to the mode oftransmission, was performed us ing two approaches: logistic modelling of the HIV epidemicgrowth in Serbia using data for the period 1985 2015 and join point regression analysis of HIVincidence for 7 Balkan countries for the period 2004 2019, using the reported epidemiologicaldata.ResultsPhylogenetic analysis of the Serbian dataset revealed the presence of 19 transmission clustersthat accomplished all predefined criteria sets along with one expanded transmission network,comprising 44% of the dataset ( 170 /385), all within subtype B. The majority of clusters, 15/19(79%), contained sequences from men who have sex with men ( MSM ) as reported transmissionrisk . Subtype C sequences formed a highly supported monophyletic group that did not meet thecluster definition criteria, however, c onsisted solely of HIV sequences related to heterosexualtransmission risk. Phylodynamic analysis implied continuous expansion of the three largesttransmission clusters during the entire study period, associated with subtype B and the MSMtransmission gro up. In contrast, analysis of heterosexual monophyletic subtypes B and C cladesindicated stagnation of cluster growth. Regarding HIV subtype B epidemic in the Balkans,proportion of sequences within transmission clusters was 68% (1,642/2,415), forming 93c lusters. Four of these clusters fulfilled criteria for cross border clusters , containing 11% of thetotal number of studied sequences (264/2 415 ). Phylogeographic analysis indicated that crossborder spread of HIV subtype B in the Balkans took place betwee n the countries of formerYugoslavia and Romania, creating complex reciprocal patterns of spread between Serbia,Slovenia, Croatia and Montenegro starting in the mid 80s, while the spread to Romania started inthe mid 90s.A trend in the number of new HIVdiagnoses in Serbia indicated an early exponential phase ofgrowth in connection with MSM transmission risk, continuously until 2030. Joinpoint regressionanalysis implied heterogeneous trends regarding incidence of new HIV diagnoses in thecountries of t he Balkans, with a decrease seen in Romania, Greece and Slovenia and an increasein Serbia, Bulgaria, Croatia and Montenegro, mainly linked to MSM transmission riskthroughout the region...

Jezik

srpski

Datum

2022

Licenca

Ovo delo je licencirano pod uslovima licence
Creative Commons CC BY-NC-ND 3.0 AT - Creative Commons Autorstvo - Nekomercijalno - Bez prerada 3.0 Austria License.

http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/at/legalcode

Predmet

OSNO - Opšta sistematizacija naučnih oblasti, Virusne infekcije

HIV , Serbia, Balkans, HIV subtypes , phylogenetic analyses, transmission clusters, Phylodinamic analysis, Phylogeographic analysis, late nt class analysis, j oin point r egression, l ogistic growth modeling

OSNO - Opšta sistematizacija naučnih oblasti, Virusne infekcije

: HIV, Srbija, Balkan, podtipovi HIV a, filogenetičk a analiz a , transmisioni klasteri, filodinamička analiza, filogeografska analiza, analiza latentnih kl asa, joinpoint regresija, logističko modelovanje

616.98-036:578.828(497.11)(043.3)