Naslov (srp)

Genetička struktura populacije virusa bronzavosti paradajza (Tomato spotted wilt tospovirus) poreklom iz različitih domaćina u Srbiji : doktorska disertacija

Autor

Petrović, Branka, 1993-

Doprinosi

Milošević, Dragana, 1982-
Krstić, Branka, 1957-
Zečević, Katarina, 1987-
Jevremović, Darko, 1977-
Stanković, Ivana, 1981-
Ristić, Danijela, 1977-

Opis (srp)

Analiza genetičke strukture populacije virusa bronzavosti paradajza (Tomato spotted wilttospovirus, TSWV) u Srbiji, obuhvatila je molekularnu karakterizaciju 41 izolata poreklom izrazličitih biljaka domaćina sakupljenih sa različitih lokaliteta u različitom vremenskom periodu.Filogenetske analize i mreža haplotipova na osnovu delimičnih sekvenci pet gena (N, NSs, NSm, Gn-Gc i RdRp), kao i na osnovu sekvenci dela S i M segmenta dobijenih spajanjem odgovarajućihsekvenci, ukazale su na postojanje genetičkog diverziteta u populaciji TSWV u Srbiji. Filogenetskeanalize su pokazale da je većina srpskih izolata TSWV evropskog porekla, međutim neki izolati supokazali veću bliskost sa izolatima iz severnoameričkog klastera, ukazujući da su srpski izolatiTSWV uneti kroz više nezavisnih introdukcija. Osim toga, filogenetsko stablo na osnovu sekvenci Mi L segmenta ukazalo je i na postojanje rekombinantnih, odnosno pseudorekombinantnih izolata.Analiza sekvenci M segmenta primenom RDP softvera potvrdila je da je izolat 224-16 poreklom izCinia sp. prirodni rekombinant dva srpska izolata. Analiza prirodne selekcije pokazala je da na svetestirane genske regione i parove sekvenci TSWV deluje negativna selekcija, dok je pozitivnaselekcija ustanovljena samo između nekoliko parova sekvenci NSm, odnosno Gn-Gc gena. Osimtoga, poređenje aminokiselinske sekvence NSm proteina ukazalo je na mutacije koje su izazvale dvesupstitucije, ili C118Y ili T120N, kod srpskih RB (resistance-breaking) izolata poreklom iz otpornoghibrida paradajza ‘Wrestler F1’, gajenih na dva lokaliteta, ukazujući na njihov RB fenotip i nezavisnuevoluciju. Biološka karakterizacija je potvrdila da su srpski RB izolati sposobni da prevaziđuotpornost paradajza sa Sw-5b, ali ne i paprike sa Tsw genom. Rezultati ovih istraživanja ukazuju daje populacija TSWV u Srbiji heterogena usled više nezavisnih introdukcija virusa, ali i pojavegenetičke i fenotipske varijabilnosti izazvane mutacijama, rekombinacijama ipseudorekombinacijama što je doprinelo raznolikosti virusa u našoj zemlji.

Opis (srp)

Biotehničke nauke - Fitopatologija / Biotechnical Science - Phytopathology Datum odbrane: 26.09.2022.

Opis (eng)

The study aimed at defining population structure of Serbian Tomato spotted wilt tospovirus(TSWV) isolates is based on molecular characterization of 41 selected isolates from different hostplants collected from different locations over different period of time. Phylogenetic analyses and themedian-joining haplotype network of the partial sequences of each of five genes (N, NSs, NSm, Gn-Gc and RdRp), as well as concatenated sequences of segments S and M obtained by merging thecorresponding sequences, have shown genetic diversity of TSWV in Serbia. The phylogeneticanalyses showed that most Serbian TSWV isolates originated from Europe, but several isolates weremore closely related to isolates from North America clade, indicating that Serbian TSWV isolateswere introduced through several independent introductions. In addition, the phylogenetic tree basedon segments M and L revealed the presence of recombination and reassortment, respectively. Asequence analysis of segment M using RDP software confirmed that isolate 224-16 originating fromCinia sp. represents a natural recombinant between two Serbian isolates. Purifying selection wasdetermined as the major natural force influencing all five genes and pairs of sequences, while positiveselection was found only between a few pairs of sequences of NSm and Gn-Gc genes. Moreover, theNSm amino acid sequence comparison revealed the presence of two amino acid substitutions (C118Yor T120N) in Serbian RB (resistance-breaking) isolates originating from the resistant tomato cultivar‘Wrestler F1’ grown at two locations, indicating their RB phenotype and independent evolutionaryevents. A bioassay confirmed that Serbian RB isolates had the ability to break the Sw-5b-mediatedresistance in the tomato, but were unable to overcome the Tsw resistance gene in the pepper. Theresults of this research indicate that the population of TSWV in Serbia is heterogeneous due to severalindependent introductions of the virus, but also due to the occurrence of mutations, recombinationand reassortment, which have all contributed to the molecular diversity of the virus in our country.

Jezik

srpski

Datum

2022

Licenca

Ovo delo je licencirano pod uslovima licence
Creative Commons CC BY-NC-ND 3.0 AT - Creative Commons Autorstvo - Nekomercijalno - Bez prerada 3.0 Austria License.

http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/at/legalcode

Predmet

OSNO - Opšta sistematizacija naučnih oblasti, Fitopatologija. Biljne bolesti i zaštita biljaka

Tomato spotted wilt tospovirus, population structure, molecular characterization, RB (resistance-breaking) isolates, recombination analysis, selection pressure, bioassay

OSNO - Opšta sistematizacija naučnih oblasti, Fitopatologija. Biljne bolesti i zaštita biljaka

virus bronzavosti paradajza, struktura populacije, molekularna karakterizacija, RB (resistance-breaking) izolati, analiza rekombinacija, selekcioni pritisak, biološka karakterizacija.

632.38:635.64(043.3)